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#Santé : Daniel Gautheret – La bio-informatique, véritable mutation du métier de chercheur

Econocom 23 Déc 2015

Daniel Gautheret est le directeur de la plateforme de bio-informatique de Gustave Roussy (IGR), le premier centre de lutte contre le cancer en Europe. Sa mission ? Développer des outils à l’attention de la recherche fondamentale et clinique. Son équipe intervient par exemple dans ICE (Interpretation of Clinical Exome), un projet collaboratif qui vise à élaborer un logiciel scientifique d’assistance à l’interprétation des données de séquençage génomique pour améliorer le diagnostic des patients atteints d’un cancer et leur proposer des traitements plus ciblés et mieux adaptés.

 

Comment travaillent les bio-informaticiens de Gustave Roussy ? Le big data est-il devenu une technologie indispensable pour la recherche contre le cancer ?  Comment assurer la sécurité des données des patients ? Daniel Gautheret a répondu à nos questions.

 

 

Toujours plus de données… et de bio-informaticiens

 

En quoi consiste votre activité ?

 

A Gustave Roussy, nous développons des programmes permettant de caractériser les altérations génomiques des patients. Nous travaillons notamment sur le projet ICE, centré sur la réalisation d’un logiciel d’analyse de données génomiques pour la cancérologie. A l’heure actuelle, le logiciel final n’est pas encore déployé auprès des patients : il sera disponible mi-2016. Certaines de ses briques sont cependant déjà utilisées dans des essais cliniques traités à Gustave Roussy.

 

La plateforme de bio-informatique de Gustave Roussy existe depuis 4 ans. Nous sommes huit en tout, ingénieurs et docteurs en bio-informatique. Les outils que nous réalisons reposent beaucoup sur des programmes open source conçus dans différents centres de recherche à travers le monde. Notre rôle consiste à réaliser des chaînes de traitement, c’est-à-dire des pipelines permettant d’enchaîner ces différents programmes de façon optimisée pour répondre aux besoins des cliniciens et des chercheurs de Gustave Roussy. Autrement dit, nous développons des interfaces qui permettent d’utiliser ces programmes de façon simple et conviviale.

 

Le séquençage de génome double ses capacités chaque année : les ordinateurs doivent donc pouvoir multiplier leur potentiel et leur puissance de stockage à peu près tous les ans. Il faut aussi que les logiciels puissent continuer à traiter des données dans un temps raisonnable.

 

« C’est une course-poursuite permanente après le volume de données… Les bio-informaticiens doivent s’adapter à cette augmentation incessante. » 

 

 

Une communauté active, ouverte… et en veille constante

Qui sont les autres acteurs de cet écosystème ? Comment collaborez-vous avec eux ?

 

La bio-informatique est une communauté très ouverte où les informations circulent assez facilement. Des rencontres sont régulièrement proposées pour que les bio-informaticiens de différents organismes puissent collaborer. L’Institut National du Cancer (INCA) organise par exemple des réunions qui permettent de partager des bonnes pratiques et de développer ensemble des réponses aux besoins des différents hôpitaux. La Cancéropôle d’Île-de-France met également en place des séminaires qui nous donnent la possibilité de travailler avec plusieurs centres anti-cancer, tandis que l’Institut Français de Bio-informatique (IBF) nous permet de d’échanger des outils.

 

Le projet ICE est un cas particulier puisque nous collaborons avec des industriels qui veulent, à terme, développer un outil commercial.

 

« La bio-informatique est un domaine très proche de la recherche : il évolue très vite, si bien que nous avons du mal à nous arrêter sur un outil, le fixer et le commercialiser. Lorsque nous prenons le temps de développer une version commercialisable, entre-temps plein de nouveautés apparaissent… Ça nous oblige à rester en veille permanente. »

 

 

Aider les medecins à prendre les meilleurs décisions possibles

 

Vous travaillez avec des volumes de données considérables : les technologies big data sont-elles les outils privilégiés du bio-informaticien ?

 

Nous faisons bien sûr du big data puisque nos volumes de calcul sont importants. Nous utilisons également des techniques d’apprentissage pour rechercher de nouveaux gènes impliqués dans le cancer ou, lorsqu’on a identifié des mutations, rechercher à quelles pathologies elles ont déjà été associées. Cela dit, si nous recourons à des technologies big data assez régulièrement, ce n’est pas non plus systématique. Certaines parties de nos logiciels sont juste de l’interface ou du traitement de données de séquence de génome.

 

Et du côté des professionnels de santé ? Les médecins s’appuieront-ils bientôt tous sur le big data pour réaliser leurs diagnostics ?

 

Pas forcément. Ce qu’il faut surtout, c’est que les médecins comprennent ce que leur apporte le big data et ça, ce n’est pas inclus dans leur formation médicale.

 

« Nos outils apportent des informations très fines sur les caractéristiques de la tumeur d’un patient : tous les médecins ne sont pas encore formés à les interpréter et à les utiliser comme une aide décisionnelle. »

 

Le travail du bio-informaticien, c’est de fournir au médecin un rapport final qui soit lisible, interprétable et actionnable pour qu’il puisse prendre des décisions en étant le mieux informé possible.

 

Rencontrez-vous parfois des réticences du côté des médecins ?

 

Nous sommes encore dans un cas de recherche clinique et non pas de traitement au quotidien des patients. Nous travaillons avec des médecins qui sont impliqués dans les essais et sont donc demandeurs de ces données. Mais, bientôt, tous les patients et donc tous les médecins seront amenés à prendre des décisions sur la base des données issues des plateformes de bio-informatique. D’ailleurs, ce n’est pas réservé à la cancérologie, la génétique familiale se développe énormément et concerne un grand nombre de maladies : là aussi il y a du big data et donc, des besoins de formation des médecins.

 

 

Une urgence : la question du partage des données

Comment assurez-vous la sécurité et la confidentialité des données avec lesquelles vous travaillez ?

 

Nous n’utilisons pas le cloud : à l’heure actuelle, il n’existe pas en France de centre qui soit à la fois accrédité pour l’hébergement de données médicales et suffisamment dimensionné pour nous. Pour l’instant, nos données sont hébergées dans notre propre data center. Nous faisons nos calculs sur des serveurs installées localement. Nous avons notamment reçu une grosse donation de Dell pour une grappe de calcul très puissante, qu’on utilise pour analyser des données de patients.

 

Autre problématique : la question du partage. Si on veut faire du « vrai » big data, il faut pouvoir confronter les résultats des patients de plusieurs centres, de façon à avoir des plus grandes quantités de données possibles. Cela permet de faire des statistiques de meilleure qualité et d’identifier des évènements rares, impossibles à voir sur un petit nombre de patients.

 

« La vraie valeur du big data vient quand on peut accumuler un grand nombre de patients de différents centres et faire des analyses assez rapides. »

 

Pour l’instant, aucun cadre légal d’accord n’a été signé. C’est en cours de discussion en France et à l’étranger. Plusieurs questions se posent : quelles données partager ? A quel format ?  Par quels moyens ? Nous utilisons des données anonymisées mais le niveau d’information que les centres peuvent partager est néanmoins à discuter…. Et nous espérons que ça va venir rapidement car c’est en partageant des données que l’on peut faire de la recherche.

 

La recherche va-t-elle désormais nécessairement passer par la bio-informatique ?

 

La biologie est en train de devenir une science quantitative.  Il y a de plus en plus de bio-informaticiens dans les laboratoires biomédicaux et les plateformes vont certainement grandir… C’est une véritable mutation du métier de chercheur en santé !

 

 

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Crédit photo : flowcomm / Flickr.com / Licence CC BY 2.0

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